Имеет степень доктора философии (PhD) и магистра философии (MPhil) на факультете образования Кембриджского университета в Великобритании, степень магистра делового администрирования (MBA) в области маркетинга и систем в Университете Бангалора в Индии, а также степень бакалавра педагогики и лингвистики в Высшем колледже в Бишкеке.
Трудовую деятельность начала учителем английского языка средней школы №39 города Тараз. Преподавала специальный курс по мировой литературе и философии в Республиканской специализированной школе-интернате для одаренных детей имени Абая. Работала ассоциированным профессором Университета Нархоз и Казахского национального женского педагогического университета.
В разные годы занимала должности заместителя председателя Автономной организации образования NIS, заместителя председателя «Назарбаев Фонда», старшего научного сотрудника Высшей школы образования NU, руководителя проекта акционерного общества «Национальный аналитический центр при Правительстве и Национальном Банке Республики Казахстан».
Назипа Аюбаева имеет большой опыт работы в управлении региональными проектами Европейской комиссии, Агентства США по международному развитию (USAID) и Института мировой торговли (WTI). Является одним из основателей Казахстанской ассоциации исследователей в сфере образования (KERA), а также активным членом Европейской ассоциации исследователей в области образования (EERA).
За значительный вклад награждена нагрудным знаком «Ғылымды дамытуға сіңірген еңбегі үшін».
Представив коллективу Президента Национальной Академии образования имени Ы. Алтынсарина, министр просвещения Гани Бейсембаев поставил ряд конкретных задач, направленных на повышение международного статуса организации.
